西元一六六一年四月三十日,民族英雄鄭成功率領四百餘戰艦抵達台灣鹿耳門外沙線,因水淺船隻無法行駛,鄭氏乃設香案焚香祝禱祈求媽祖助漲潮水;果然水升丈餘,於是揮軍登陸鹿耳門南岸北汕尾嶼,進而趕走荷蘭人,收復 台灣,因而改寫了台灣的歷史,鹿耳門遂成為偉大的古蹟。
鹿耳門天后宮供奉的鄭成功隨艦媽祖,係大陸稀產寶貴之"宣芝木材"雕刻而成,其手法出自名家,亦是台灣此種千年材質獨一無二的媽祖神像。鹿耳門天后宮除媽祖神威顯赫外,另陳列有市政府疏浚鹿耳門溪時於古廟址出土的古天后宮"重興天后宮碑記"、"新建鹿耳門公館碑記",以及其它古器物,實質反映了台灣古代工商業發展情形和大陸間血濃於水的關係,同時亦說明了鹿耳門天后宮這座古廟當年不但是信仰所繫,也是海上交通及工商發展上佔有之重要地位,而在歷史上留下其長遠的影響。